Viện Công nghiệp thực phẩm được thành lập theo Quyết định số 112/CP ngày 21 tháng 7 năm 1967 của Thủ tướng Chính phủ (tiền thân từ Viện Công nghiệp nhẹ và thực phẩm). Trụ sở chính của Viện tại 301 đường Nguyễn Trãi, quận Thanh Xuân, thành phố Hà Nội. Chi nhánh phía Nam là Phân Viện Công nghiệp thực phẩm, đặt tại số 58 Nguyễn Bỉnh Khiêm, quận I, thành phố Hồ Chí Minh. Trải qua hơn 50 năm xây dựng và phát triển, Viện Công nghiệp thực phẩm lần lượt trực thuộc Bộ Công nghiệp Nhẹ (1967-1969), Bộ Lương thực thực phẩm (1969-1980), Bộ Công nghiệp thực phẩm (1980-1987), Bộ Nông nghiệp và Công nghiệp thực phẩm (1987-1991), Bộ Công nghiệp Nhẹ (1992-1995), Bộ Công nghiệp (1995-2007), Bộ Công Thương từ 2008 đến nay. Lịch sử phát triển của Viện có thể tóm tắt theo các giai đoạn:

Giai đoạn 1967 – 1975

Tổ chức của Viện khi mới thành lập bao gồm các phòng: Phòng Vi sinh, Phòng Đường bột, Phòng Đạm, Phòng Dầu-Tinh dầu, Phòng Lương thực, Phòng Hóa nghiệm, Phòng Nghiệp vụ, Tổ Thông tin, Xưởng thực nghiệm. Nhiệm vụ chính của Viện là nghiên cứu bảo quản, chế biến lương thực thực phẩm, sử dụng hoa màu thay gạo tạo sản phẩm đáp ứng nhu cầu của xã hội. Năm 1968, Viện được bổ sung nhiệm vụ thiết kế công nghệ và thiết bị từ Phòng Thiết kế – Viện Thiết kế chuyển sang. Năm 1971, Viện thành lập Trung tâm Nghiên cứu Đồ hộp thực phẩm; năm 1972, thành lập Trung tâm Nghiên cứu Thuốc lá.

Trong những năm đầu mới thành lập, trong điều kiện chiến tranh ác liệt, cán bộ, công nhân viên đã hăng say cống hiến để xây dựng cơ sở vật chất kỹ thuật cho nghiên cứu phục vụ sản xuất và trực tiếp tham gia chiến đấu chống chiến tranh phá hoại bằng không quân của Mỹ ở miền Bắc. Những kết quả nghiên cứu trong giai đoạn này đã đóng góp thiết thực cho sản xuất, chiến đấu và đời sống nhân dân như: nghiên cứu và tổ chức sản xuất nước chấm lên men, tương, chao, đậu phụ, sản xuất mỳ chính theo phương pháp lên men, sản xuất các loại nước uống lên men, rượu vang, mứt quả, … từ các loại quả trong nước.

Giai đoạn 1976 – 1986

Cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước thắng lợi, non sông thu về một mối, cả nước cùng chung tay xây dựng đất nước trong hòa bình. Phân viện Công nghiệp thực phẩm tại Thành phố Hồ Chí Minh trực thuộc Viện Công nghiệp thực phẩm đã được thành lập theo Quyết định số 500/CNTP/TCQL, ngày 17 tháng 5 năm 1982. Đây là giai đoạn khó khăn sau chiến tranh, những năm tháng gian khổ do bị cấm vận, cơ chế bao cấp đã ảnh hưởng nặng nề tới hoạt động và đời sống cán bộ của Viện.

Tuy vậy, các cán bộ của Viện bằng tất cả nhiệt huyết, lòng say mê với khoa học đã phát huy được truyền thống, đóng góp nhiều kết quả cho sự phát triển ngành Công nghiệp thực phẩm. Các công nghệ mới, tiên tiến đã được nghiên cứu và triển khai thành công như sản xuất và ứng dụng enzim vi sinh vật trong công nghiệp rượu, bia, đường nha, dệt, sinh tổng hợp lizin và sản xuất axít xitric bằng phương pháp lên men … Bên cạnh đó, Lãnh đạo Viện rất chú trọng tới hợp tác quốc tế, cử nhiều cán bộ đi đào tạo nâng cao trình độ chuyên môn tại nước ngoài qua các dự án do UNDP tài trợ.

Giai đoạn 1987 – 2006

Từ năm 1986, đất nước bắt đầu thời kỳ đổi mới, Viện Công nghiệp thực phẩm lại một lần nữa khẳng định mình và ngày càng phát triển. Những năm 1989-1990, Lãnh đạo Viện xác định các nhiệm vụ nghiên cứu phải có tính ứng dụng cao, các sản phẩm nghiên cứu phải được chuyển thành hàng hóa. Kết quả nghiên cứu của nhiều đề tài, dự án đã được chuyển giao cho các doanh nghiệp: sản xuất bia theo công nghệ mới, ứng dụng enzim trong sản xuất bia, rượu, các loại đường, nha, công nghệ chế biến quả, tinh bột, đậu tương…

Hoạt động hợp tác quốc tế được đẩy mạnh với hai dự án lớn do UNDP và JICA tài trợ. Cơ sở vật chất của Viện được đầu tư đáng kể, giúp Viện nhanh chóng hòa nhập và tiếp cận các hướng nghiên cứu mới trên thế giới. Về đào tạo, từ năm 1998, Viện đã được giao nhiệm vụ đào tạo Tiến sĩ với các chuyên ngành Công nghệ sinh học, Công nghệ thực phẩm và Đồ uống. Cơ cấu tổ chức cũng dần chuyển đổi sang hướng tự chủ với việc thành lập các trung tâm nghiên cứu và dịch vụ KHCN.

Giai đoạn 2007 đến nay

Đây là giai đoạn Viện thực hiện cơ chế tự chủ, tự chịu trách nhiệm và phát triển mạnh mẽ nhất trên tất cả các mặt hoạt động. Viện thực hiện nhiều đề tài, dự án cấp nhà nước, song hành cùng doanh nghiệp để đưa kết quả nghiên cứu vào thực tiễn sản xuất nhanh nhất. Hoạt động khoa học và công nghệ của Viện được đánh giá là một trong các cơ sở nghiên cứu mạnh trong cả nước.

Về tăng cường cơ sở vật chất, Viện đã thực hiện các dự án đầu tư nâng cấp trụ sở tại Hà Nội, Xưởng thực nghiệm CNSH và Phòng thí nghiệm trọng điểm công nghệ vi sinh. Tiềm lực nghiên cứu của Viện hiện nay rất tốt, đáp ứng các yêu cầu nghiên cứu hiện đại. Viện cũng khẳng định được uy tín trong đào tạo Tiến sĩ và chuyển giao công nghệ cho doanh nghiệp, đảm bảo hoạt động ổn định và phát triển bền vững. Ghi nhận những thành tích đạt được, Viện đã vinh dự được tặng thưởng Huân chương Độc lập hạng Ba và nhiều danh hiệu cao quý khác.